Miasto zostało założone w lipcu 1628 roku przez kozaków bojara Andrzeja Dubieńskiego jako ostróg dla obrony przed Tatarami, zamieszkującymi wybrzeże Jenisieju. Pierwotną nazwą miasta był “Krasnyj jar” od tatarskiej nazwy miejscowości “Kyzył Dżar”, czyli “czerwone wzgórze”. Obecną nazwę nadano po otrzymaniu praw miejskich w 1690 roku.
Szybki wzrost Krasnojarska rozpoczął się po doprowadzeniu do miasta Traktu Moskiewskiego (obecna autostrada M53), która połączyła Krasnojarsk z Aczyńskiem, Kańskiem i resztą Rosji. Odnalezienie w okolicach miasta zasobów złota i wybudowanie w 1895 roku kolei przyśpieszyło rozwój miasta.
Od 1822 roku — stolica guberni jenisejskiej.